IP-Coster | WO2025229503 | METHODS FOR IDENTIFYING EXHAUSTED T CELLS AND T-CELL RECEPTORS THEREOF

Country	Stages	Total
China	Filing, Examination, Granting	5715
EPO	Filing, Examination, Granting	107296
Japan	Filing, Examination, Granting	4841
South Korea	Filing, Examination, Granting	8052
USA	Filing, Examination, Granting	27440

Abstract[English] The present disclosure provides methods and compositions to identify exhausted T cells from a population of T cells extracted from a tumor microenvironment in cancer patients. The present disclosure also provides methods and compositions to identify tumor-reactive T-cell receptor (TCR) clonotypes. The present disclosure also provides methods and compositions to identify tumor-reactive TCR clonotypes from the exhausted T cells identified using the methods described herein. The present disclosure utilizes advanced prediction algorithms and next-generation sequencing technologies, like single-cell transcriptome (scGEX) and TCR sequencing (scTCR), to identify TCR clonotypes within a tumor. The methods can distinguish each T cell as either a CD4+ or CD8+ cell based on the expression level of classification genes. The classification can create distinct CD4+ and CD8+ clusters. A CD4+ exhaustion score and/or a CD4+ gene set enrichment analysis (GSEA) score can be calculated for T cells in the CD4+ cluster, and similarly, a CD8+ exhaustion score and/or a CD8+ GSEA score for T cells in the CD8+ cluster. These scores can be calculated based on the expression level of specific exhaustion gene markers. Any T cell exceeding a set of exhaustion score and/or GSEA score threshold can be identified as exhausted. TCR clonotypes can be identified and ranked in the exhausted T cells for further applications.[French] La présente divulgation concerne des procédés et des compositions d'identification de lymphocytes T épuisés au sein d'une population de lymphocytes T extraits d'un microenvironnement tumoral chez des patients cancéreux. La présente divulgation concerne également des procédés et des compositions d'identification de clonotypes de récepteurs des lymphocytes T réactifs aux tumeurs (TCR). La présente divulgation concerne également des procédés et des compositions d'identification de clonotypes de TCR réactifs aux tumeurs au sein des lymphocytes T épuisés identifiés à l'aide des procédés décrits ici. La présente divulgation utilise des algorithmes de prédiction avancés et des technologies de séquençage de nouvelle génération, comme le transcriptome à cellule unique (scGEX) et le séquençage des TCR (scTCR), pour identifier les clonotypes de TCR dans une tumeur. Les procédés peuvent distinguer chaque lymphocyte T en tant que cellule CD4+ ou CD8+ sur la base du niveau d'expression de gènes de classification. La classification peut créer des groupes CD4+ et CD8+ distincts. Un score d'épuisement des CD4+ et/ou un score d'analyse d'enrichissement d'ensembles de gènes CD4+ (GSEA) peuvent être calculés pour les lymphocytes T du groupe CD4+ et, de même, un score d'épuisement des CD8+ et/ou un score GSEA CD8+ pour les lymphocytes T du groupe CD8+. Ces scores peuvent être calculés sur la base du niveau d'expression de marqueurs géniques d'épuisement spécifiques. Tout lymphocyte T dépassant un ensemble de seuils de score d'épuisement et/ou de score GSEA peut être identifié comme étant épuisé. Des clonotypes de TCR peuvent être identifiés et classés au sein des lymphocytes T épuisés en vue d'autres applications.

Total Number of Claims/PCT	*
Number of Independent Claims	*
Number of Priorities	*
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Number of Pages with Drawings	*
Pages of Specification	*
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Number of Office Actions	*
International Search Report is established	*
International Searching Authority	EPO *
Recordal of a Change of the Applicant's Name/Address	Change of Applicant's Name and Address *
Type of Assignment	The Standard Agent's Assignment *
Applicant's Legal Status	Legal Entity *
Small Entity	*
Non-Commercial Organization	*
Micro Entity	*
Small Entity, USA	*
Micro Entity, USA	*
Entry into National Phase under	Chapter I *
Patent Delivery	Send the Letters Patent by Courier *
Translation

WO2025229503 - METHODS FOR IDENTIFYING EXHAUSTED T CELLS AND T-CELL RECEPTORS THEREOF

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