WO2023194389 - DETECTION OF A GENOMIC SEQUENCE IN A MICROORGANISM GENOME BY WHOLE GENOME SEQUENCING
National phase entry:
Publication Number
WO/2023/194389
Publication Date
12.10.2023
International Application No.
PCT/EP2023/058860
International Filing Date
04.04.2023
Title **
[English]
DETECTION OF A GENOMIC SEQUENCE IN A MICROORGANISM GENOME BY WHOLE GENOME SEQUENCING
[French]
DÉTECTION D'UNE SÉQUENCE GÉNOMIQUE DANS UN GÉNOME DE MICRO-ORGANISME PAR SÉQUENÇAGE DE GÉNOME ENTIER
Applicants **
BIOMERIEUX
.
69280 MARCY L'ETOILE, FR
Inventors
MAHE, Pierre
484 allée des Sapins
38250 LANS EN VERCORS, FR
EL AZAMI, Meriem
6 rue Peillon
69210 L'ARBRESLE, FR
DANCETTE, Magali
306 rue des Templiers
69280 MARCY L'ETOILE, FR
TOURNOUD, Maud
2 allée des bleuets
38360 SASSENAGE, FR
GRIFFON, Aurélien
16 rue Masaryk
69009 LYON, FR
Priority Data
22166649.8
05.04.2022
EP
Application details
| Total Number of Claims/PCT | * |
| Number of Independent Claims | * |
| Number of Priorities | * |
| Number of Multi-Dependent Claims | * |
| Number of Drawings | * |
| Pages for Publication | * |
| Number of Pages with Drawings | * |
| Pages of Specification | * |
| * | |
| * | |
International Searching Authority |
EPO
* |
| Applicant's Legal Status |
Legal Entity
* |
| * | |
| * | |
| * | |
| * | |
| Entry into National Phase under |
Chapter I
* |
| Translation |
|
Recalculate
* The data is based on automatic recognition. Please verify and amend if necessary.
** IP-Coster compiles data from publicly available sources. If this data includes your personal information, you can contact us to request its removal.
Quotation for National Phase entry
| Country | Stages | Total | |
|---|---|---|---|
| China | Filing | 973 | |
| EPO | Filing, Examination | 4598 | |
| Japan | Filing | 591 | |
| South Korea | Filing | 575 | |
| USA | Filing, Examination | 2710 |
Total: 9447 USD
The term for entry into the National Phase has expired. This quotation is for informational purposes only
Abstract[English]
A method for detecting target genomic sequences at predetermined positions in a sequenced genome of a microbial organism in the form of reads. The method comprises computing a local sequencing depth of the genome in a neighborhood of the position of a target genomic sequence, said computing comprising the steps of a) detecting in the reads a set of digital genomic sequences from at least one reference genome of the microbial organism, b) generating of third set of digital genomic sequences comprising reads and digital genomic sequences of the second set belonging to the neighborhood c) counting the number of copies of each digital genomic sequences of the third set of digital genomic sequences, and d) computing the local sequencing depth as being equal to the maximum of the counted numbers of copies.[French]
L'invention concerne un procédé de détection de séquences génomiques cibles à des positions prédéterminées dans un génome séquencé d'un organisme microbien sous la forme de lectures. Le procédé comprend le calcul d'une profondeur de séquençage locale du génome dans un voisinage de la position d'une séquence génomique cible, ledit calcul comprenant les étapes consistant à a) détecter dans les lectures d'un ensemble de séquences génomiques numériques provenant d'au moins un génome de référence de l'organisme microbien, b) générer un troisième ensemble de séquences génomiques numériques comprenant des lectures et des séquences génomiques numériques du deuxième ensemble appartenant au voisinage, c) compter le nombre de copies de chaque séquence génomique numérique du troisième ensemble de séquences génomiques numériques, et d) calculer la profondeur de séquençage locale comme étant égale au maximum des nombres de copies comptés.